Se denomina marcadores somáticos al sistema de señalización del propio organismo.
Para comprender mejor cómo funciona la EMDR, es muy útil examinar más de cerca la conocida teoría de los marcadores somáticos. Los marcadores somáticos nos proporcionan continuamente una evaluación emocional de nuestra situación vital actual en fracciones de segundo. El nombre fue inventado por el neurocientífico portugués António Damásio. Su teoría de los marcadores somáticos es hoy mundialmente conocida. 
Según su teoría, los seres humanos almacenamos constantemente nuestras experiencias vitales en una memoria de experiencias emocionales, incluso cuando somos recién nacidos. Todo lo que hemos vivido hasta ahora deja una huella emocional en nuestro cuerpo. Las innumerables decisiones que tenemos que tomar cada día se evalúan emocionalmente como buenas o malas, útiles o inútiles, con la ayuda de esta memoria corporal en el proceso de toma de decisiones. Los marcadores somáticos funcionan como un sistema de señalización. En última instancia, son estos marcadores corporales emocionales los que percibimos en nosotros mismos cuando, por ejemplo, imaginamos mentalmente los cursos de acción alternativos para tomar una decisión. Nos ayudan a descartar desde el principio líneas de actuación emocionalmente inaceptables. Incluso en la mera percepción de situaciones, podemos experimentar nuestros marcadores somáticos en acción: casi todos podemos identificarnos con el hecho de que la mera visión de una determinada persona, un olor o una canción o una situación puede evocar una reacción física. En esos momentos, percibimos sensaciones (cambios de estado corporal) en alguna parte de nuestro cuerpo. Nuestra memoria corporal se da a conocer para comunicarnos su evaluación. Por tanto, las experiencias anteriores tienen un impacto significativo en nuestras decisiones futuras a través de nuestra retroalimentación emocional e influyen en nuestras vidas. Más información en: Disolución de bloqueos mentales con EMDR. Dado que son los marcadores somáticos los que nos permiten percibir la memoria de nuestra experiencia emocional en primer lugar, ambos términos suelen utilizarse como sinónimos. Los marcadores somáticos forman así nuestro sistema de evaluación de predicciones totalmente automático. Son la chispa inicial para la salida o hacen sonar la alarma. Por tanto, nuestras reacciones de miedo aprendidas se almacenan y desencadenan con la ayuda de esta memoria emocional de la experiencia. En el “aprendizaje” de los marcadores somáticos, tanto la región cerebral especial llamada amígdala, que también se considera la principal responsable del desarrollo de los miedos, como los campos corticales prefrontales, según António Damásio, desempeñan un papel decisivo. Sigue leyendo para saber de qué dependen las distintas manifestaciones de los marcadores somáticos y cómo influyen en nuestra vida.
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Los marcadores somáticos se hacen sentir con la ayuda de reacciones corporales de intensidad variable A menudo se observa que una situación (estímulo externo) sólo desencadena un poco de piel
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